Le siège de la mission archéologique suisse se trouve à l'Université de Neuchâtel et les recherches archéologiques menées dans la région de Kerma font partie d'un projet du Fonds national suisse de la recherche scientifique (Projet FN 101212/122592/1, 2008-2011).

Le Secrétariat d'Etat à l'éducation et la recherche soutient activement, depuis 2008, les frais liés à la logistique, la restauration et la protection des sites, ainsi que la gestion de la documentation scientifique et les travaux en lien avec le musée de Kerma (maquette, panneaux, mise en scène des vitrines, soutien à la gestion des collections). La création du musée de Kerma a bénéficié du soutien du Département Fédéral des Affaires Etrangères de 2004 à 2007, ainsi que d'une aide du Département fédéral de l'intérieur en 2004. Le musée d'Art et d'Histoire de Genève a également contribué à la préservation des vestiges archéologiques, par son soutien aux travaux de restauration des sites de Kerma et de Doukki Gel, cela jusqu'en 2005. Enfin, la Fondation Kerma, active depuis janvier 2010, gère les fonds versés par le Secrétariat d'Etat et bénéficie d'autres apports financiers permettant d'assurer un suivi sur le long terme de ce projet d'envergure associant recherche scientifique, formation d'étudiants et de collaborateurs soudanais, muséographie, ainsi que protection et valorisation de ce patrimoine exceptionnel.