Le siège de la mission archéologique se trouve à l'Université de Neuchâtel et les recherches archéologiques menées dans la région de Kerma font partie d'un projet du Fonds national suisse de la recherche scientifique (Projet FN 101212/122592/1).

L'Office fédérale de la Culture contribue au maintien de l'infrastructure logistique de la mission, à la gestion de la documentation scientifique et à des travaux en lien avec la muséographie (maquette, panneaux, mise en scène des vitrines). La création du musée, avec sa muséographie originale, financée par le Département Fédéral des Affaires Etrangères, a rendu visible les découvertes faites par la mission, active au Soudan depuis 40 ans. Le musée d'Art et d'Histoire de Genève a également contribué à la préservation des vestiges archéologiques, par son soutien aux travaux de restauration des sites de Kerma et de Doukki Gel.